过滤系统损坏：长时间运转的空气净化器，其过滤系统可能会因为大量吸入污染物而迅速磨损。原有的HEPA过滤网和活性炭层在处理灰尘、烟雾、化学品等时，会逐渐被污染物所占据，导致其效能大幅下降甚至完全失效。这种情况不仅无法有效清洁空气，还可能释放更多有害颗粒物回流到室内环境中，对人体健康构成更大威胁。

能耗增加：空调机组件通常设计用于短时间高频率工作，而不是长时间低频率工作。这意味着如果一台空气净化器24小时不间断运行，它们将需要消耗更多电力来保持风扇旋转和电路维持功能。这不仅对用户的电费账单产生负面影响，而且也可能加速设备老化速度，缩短使用寿命。

噪音干扰：虽然现代空气净化器设计得越来越安静，但它们仍然发出一定程度的声音，如风扇旋转声或其他内部机械声音。如果一个房间里有多个这样的设备在24小时内不断运作，这些声音将累积起来，对居住者乃至邻近居民造成严重的噪音干扰问题。

氧合不足：尽管主要目的是去除室内污染，但长期运行的空气净化器也可能抑制正常氧分子的生成，从而引起室内氧合不足的问题。这个过程称为“副反应”，即在吸附和捕捉细菌、病毒以及其他微生物时，由于催化剂或活性炭层作用下的化学反应产生的一系列副产品，其中包括一些具有毒性的挥发性有机化合物（VOCs）。

二次污染问题**: 空气净化器通过吸收湿度来降低霉菌生长，同时还需定期更换过滤网以防止其自身成为新源头。当这些未经适当管理或维护的情况下，不但不能提供良好的清洁效果，还可能导致室内环境出现二次污染，比如由于湿度控制不当导致水垢形成，或是没有及时更换过滤网使得原本悬浮于空中的细小颗粒重新悬浮并散布开来。在极端情况下，这种二次污染甚至比最初存在的异味更加难以根治。